Fakultas Kedokteran UI saat ini memiliki empat program studi magister dengan berbagai kekhususan dan keunggulannya masing-masing.
- Ilmu Pendidikan Kedokteran
- Ilmu Kedokteran Kerja
- Ilmu Gizi
- Ilmu Kedokteran Klinis
- Ilmu Biomedik
Peminatan:
- Anatomi
- Biokimia
- Biologi
- Farmakologi
- Fisiologi
- Histologi
- Imunologi
- Mikrobiologi
- Onkologi
- Parasitologi
- Patobiologi
- Sains Reproduksi
- Sains Transfus
- Bioinformatika
- Sel Punca (Steam cell)
